Den Höhepunkt des Orgelbaus markierte die Zeit des Barocks. Die Register wurden auf Hauptwerk, Rückpositiv, Oberwerk, Brustwerk und Pedalwerk verteilt und umfassten orgelspezifische Stimmen wie Prinzipale und Mixturen. Zudem standen jetzt auch flötenartige Mischklänge, solistische Farben sowie Aliquote oder Streicher zur Verfügung. Bis ins 18. Jahrhundert gab es kaum einen Bereich, in dem derart hochentwickelte Technik zum Einsatz kam – sieht man einmal vom Uhrmacherhandwerk und der optischen Gerätefertigung ab.

Dass sich ausgerechnet in Hamburg eine außergewöhnliche Orgelbautradition entwickelte, war kein Zufall. Aus vorreformatorischer Zeit sind allein sieben Orgelbauer namentlich bekannt – eine für eine spätmittelalterliche Stadt bemerkenswerte Dichte. Nach einer reformationsbedingten Pause bis etwa 1540 erlebte der Hamburger Orgelbau ab Mitte des 16. Jahrhunderts einen starken Aufschwung, maßgeblich geprägt durch Orgelbauer aus dem Herzogtum Brabant, die wegen Glaubenskriegen und der orgelfeindlichen Haltung reformierter Kirchen nach Norddeutschland ausgewichen waren. Um 1600 stammte etwa die Hälfte der Stadtbevölkerung aus den Niederlanden – die kosmopolitische Offenheit der Hansestadt hatte den technischen Wissenstransfer unbemerkt zum Strukturprinzip erhoben. Hamburg wurde zum Exporteur dieses Know-hows nach ganz Nordeuropa und das ist nicht zuletzt mit einem Namen verbunden: Arp Schnitger.